O samurai tinha um assistente para o ritual chamado kaishakunin (介错人). Ele devia escolher quem iria ser seu kaishakunin. O kaishakunin auxiliava no ritual com a função de decapitar o samurai após ele ter completado sua parte e rasgado o ventre.  Isto tinha por finalidade evitar a angústia prolongada durante o ritual, tanto por parte da vítima como dos espectadores.

O ritual era geralmente realizado na presença de uma testemunha (kenshi) enviado pela autoridade que emite a sentença de morte.

O condenado ia para um dojo, jardim ou local preparado para a cerimônia e era acompanhado por uma pequena plateia. Seu corpo era lavado para purificar o corpo e a alma, lhe davam um kimono branco usado para a morte chamado shini-shōzoku ("Shini" significa "morte" e "shozoku" significa "traje", portando "traje da morte"), depois serviam a ele sua última refeição.

Quando ele terminava a refeição, sentado na posição seiza - ou seja, ajoelhado, mantendo as costas retas e apoiando as nádegas nos calcanhares - em um tatame, colocavam outra tábua de madeira chamada sanbo com duas doses de saquê, papel, uma pena e uma espada curta chamada tanto, embrulhada em papel washi. A espada, porém, era dada apenas para aquele que não eram considerados uma ameaça.


O condenado tinha que beber duas doses de saquês em dois goles cada uma, totalizando quatro goles. Ele bebia o saquê segurando o copo com a mão esquerda. O primeiro gole representava a ganância e os outros três a hesitação. Ao todo, os quatro goles representavam a morte (shi) - tanto o número quatro quanto a palavra morte são "shi" em japonês.

Após a bebida o samurai devia escrever um jisei. Um poema que registraria seus últimos pensamentos para a posteridade e tinha um padrão fixo de rimas. Era esperado que o poema fosse gracioso e sem qualquer menção a sua morte.


Por fim, o samurai cometia o seppuku. Ele era sempre feito no fim da tarde, ao cair do sol, em uma tenda posicionada em meio a um jardim ou na entrada de um templo budista. O samurai saía do aposento onde estava isolado e passava sozinho por um corredor, caminhando lentamente, de cabeça erguida, sob o olhar de seus colegas samurais. Na tenda, o condenado, sentando na posição seiza em uma almofada ou tatame, prendia as mangas do kimono sob os joelhos para permitir que a queda se dê para a frente, prevenindo, assim, uma queda para trás ou para o lado, consideradas posições indignas, e retirava a parte superior do seu kimono e a repousava sobre os joelhos.

Depois pegava a tanto (wakizashi ou um simples punhal) e, segurando a lâmina pelo de papel washi enrolado para não cortar a mão e não perder o controle por causa do sangue que torna a espada escorregadia, golpeava seu abdômen, abaixo do umbigo (hara), no lado esquerdo e puxava a lâmina para o lado direito - esse corte horizontal se chama "Kizu" - rasgando desse modo seu ventre e deixando as vísceras expostas, mostrando assim sua pureza de carácter. Era importante o corte ser no abdômen, local onde as crenças orientais acreditam ser o centro da razão e da emoção. Assim, o samurai estaria literalmente cortando a sua "alma". Ao acreditarem que essa estava limpa diante da sua honra, mostrava-se a sua dignidade.

O seppuku era horrivelmente doloroso, mas o samurai, de acordo com o seu código de honra, não podia demonstrar dor ou medo ao realizá-lo.

O Kaishakunin ficava atrás do guerreiro. Ele pegava água de um balde de madeira com uma hishaku (concha de bambu) e lavava a lamina da sua espada derramando a água sobre ela.


Quando o condenado rasgava o ventre o kaishakunin decapitava-o, poupando-o de mais sofrimento, e terminava o seppuku. A manobra deveria ser feita na forma conhecida como Dakikubi (抱首, lit. "pescoço abraçado"), na qual o corte tinha que manter uma porção fina da carne prendendo a cabeça. Um bom kaishakunin não devia decapitar completamente o samurai. A cabeça tinha que se manter presa pela pele do pescoço para que não respingasse sangue ou a cabeça saísse rolando pelo chão. Geralmente, o dakikubi ocorria assim que a adaga era ficada no abdômen.

Se o samurai se dirigisse ao kaishakunin antes ou durante a cerimônia, a resposta padrão dele seria "go anshin!" (mantenha a mente em paz).

Após o seppuku a mesa era descartada por estar infectada com a morte. O corpo do samurai era retirado do local e cremado. O poema escrito por ele era guardado e passava a fazer parte do acervo do shogun. A faca era descartada, por estar contaminada pela morte. E o local era lavado com cuidado para garantir que estivesse impecável para o próximo ritual.

Jumonji Giri
Jumonji Giri é outra função de seppuku, mas muito pior. Ela é considerava a mais dolorosa de todas. No jumonji giri após perfurar o abdômen e realizar o corte horizontal, o samurai fazia outro corte onde perfurou o abdomên só que dessa vez na vertical, formando uma especie de "L", e sentava-se em silêncio até morrer. E não havia decapitação!

Proibição do Seppuku
O Junshi (殉 死 , "seguindo o senhor na morte") - seppuku cometido por um samurai pela morte de seu mestre, afim de segui-lo na morte - foi proibido pelo shogunato em 1661 e já tinha sido proibido por alguns clans anos antes. Para evitar que o samurai fizesse isso, sua família seria punida e cairia em desonra se ele se matasse.

Seppuku como punição judicial foi abolida em 1873, logo após a Restauração Meiji, mas o seppuku voluntário não desapareceu completamente. Sabe-se que dezenas de pessoas cometeram seppuku desde então, incluindo o general Nogi e sua esposa pela morte do imperador Meiji em 1912, e vários soldados e civis que optaram por morrer em vez de se render no final da Segunda Guerra Mundial.

Ultimo seppuku
O ultimo seppuku foi feito pelo escritor Yukio Mishima em 25 de novembro de 1970.

Em 1970, ele e seus quatro homens de tatenokai invadiram um posto avançado das Forças de Autodefesa do Japão em Tokyo. Mishima encorajou as tropas na base a se levantarem para restabelecer a constituição imperial. Porém, sua tentativa de reerguer seu país nas chamas das suas tradições e reestabelecer o imperador como figura central e divina foram fracassadas e Mishima, insultado pelos soldados que o ouviam, cometeu o seppuku ali mesmo. Seu kaishakunin, contudo, não conseguiu arrancar sua cabeça, um segundo homem de Mishima teve que fazê-lo. O soldado vendo que falhou com Mishima cometeu seppuku também.